1999
Parte la nuova Biennale: la 48. Esposizione Internazionale d'Arte dAPERTutto recupera gli spazi storici dell'Arsenale (Artiglierie, Isolotto, Tese, Gaggiandre). Nasce un nuovo settore organizzativo per le attività di spettacolo dal vivo: DMT (Danza Musica Teatro). Da luglio a ottobre il settore Musica propone 21 concerti; da agosto a ottobre il settore Teatro propone 14 spettacoli; il 30 luglio viene riaperto il Teatro Verde con Parabola di Carolyn Carlson e da settembre a ottobre il settore Danza propone 13 spettacoli. Dall'1 all'11 settembre si svolge la 56. Mostra del Cinema: il Leone d'oro alla Carriera viene assegnato a Jerry Lewis.
2000
Il settore Cinema presenta un'ampia retrospettiva sul cinema balcanico, La meticcia di fuoco, che si svolge dal 30 marzo al 16 aprile. Tra agosto e settembre, come di consueto, si svolge la Mostra del Cinema, alla sua 57. edizione: Leone d'oro alla Carriera a Clint Eastwood. Il 18 giugno si apre la 7. Mostra Internazionale di Architettura, che richiama negli spazi dei Giardini e dell'Arsenale oltre 70.000 visitatori. I settori Danza Musica Teatro propongono un fitto calendario di appuntamenti.
2001
Dal 2 all'8 marzo si svolge il festival Shakespeare & Shakespeare, un progetto interdisciplinare che vede coinvolti tutti i settori della Biennale in un comune omaggio all'opera shakespeariana: tra le prime assolute, Otello nell'allestimento del regista lituano Eimuntas Nekrosius, Virus di e con il coreografo-danzatore Nigel Charnock, oltre a proiezioni di cinema indiano su opere di Shakespeare e una serie di incontri e conversazioni con grandi artisti che nel loro lavoro hanno incontrato l'opera di Shakespeare: Carlo Cecchi, Peter Stein, Peter Greenaway, Josef Svoboda e altri. Dal 5 maggio al 6 ottobre si svolgono le attività dei settori Danza Musica Teatro: prime assolute, coproduzioni, convegni internazionali, per un totale di 45 spettacoli più repliche. Particolare successo ottiene lo speciale del settore Teatro, La pista e la scena, allestito in terraferma al Parco della Bissuola di Mestre. Il 9 giugno, inaugurazione ufficiale della 49. Esposizione Internazionale d'Arte Platea dell'Umanità, che registra la più ampia partecipazione di paesi stranieri della sua storia (63) e il record di visitatori (243.000) degli ultimi 20 anni. Dal 29 agosto all'8 settembre si svolge la 58. Mostra del Cinema, che introduce la novità del doppio concorso e che affianca al tradizionale Leone d'Oro il Leone dell'Anno; Leone d'oro alla Carriera a Eric Rohmer.
2002
Dall'1 al 10 febbraio si svolge il festival Temps d'images, dedicato ai rapporti tra spettacolo dal vivo, nuove forme di creatività e media televisivi e cinematografici; il festival ha luogo anche a Bruxelles e Parigi. Il 15 marzo, Carolyn Carlson presenta il suo nuovo spettacolo, Waltz thru Time. La stagione dei settori Danza Musica Teatro va dal 2 maggio al 29 settembre. In principio d'anno vengono nominati il nuovo presidente della Biennale, Franco Bernabè, e i componenti il Consiglio d'Amministrazione, cui spetta l'impostazione delle attività per il quadriennio 2002-2005. La 59. Mostra del Cinema, diretta da Moritz de Hadeln, si svolge dal 29 agosto all'8 settembre. La 8. Mostra Internazionale di Architettura - Next, diretta da Deyan Sudjic, ha luogo dall'8 settembre al 3 novembre e richiama oltre 101.000 visitatori.
2003
L'Esposizione Internazionale d'Arte giunge alla cinquantesima edizione: Sogni e Conflitti - La dittatura dello spettatore è il titolo scelto dal direttore Francesco Bonami. Dal 15 giugno al 2 novembre la mostra registra l'afflusso record di 260.000 visitatori; il pubblico ha l'occasione di incontrare all'Arsenale personalità della cultura nell'ambito degli oltre 120 incontri organizzati dall'Archivio del Contemporaneo-ASAC, diretto da Giuliano da Empoli, nei due cicli 99-tutte le idee meno una e Tipping Point. I settori dello spettacolo dal vivo tornano dopo qualche anno di sperimentazione al formato del festival: il 1. Festival Int.le di Danza si svolge tra giugno e luglio, diretto da Frédéric Flamand; il 47. Festival Int.le di Musica, diretto da Uri Caine, ha luogo a settembre; il 35. Festival Int.le del Teatro si svolge tra ottobre e il 1° novembre, diretto da Peter Sellars. La 60. Mostra del Cinema, diretta da Moritz de Hadeln, si svolge dal 27 agosto al 6 settembre. In fine d'anno, il 23 dicembre, viene approvato il decreto di riforma presentato dal ministro per i Beni e le Attività Culturali che trasforma la Biennale in una Fondazione aperta al contributo dei privati.
2004
Il 15 gennaio viene pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale il decreto di riordino della Biennale, che viene trasformata in Fondazione. In febbraio viene formalizzata la nomina di Davide Croff quale nuovo Presidente della Biennale. Le manifestazioni del 2004 iniziano con il 2. Festival Int.le di Danza Contemporanea, diretto da Karole Armitage, le cui due sezioni hanno luogo a giugno e a luglio. I settori dello spettacolo dal vivo completano le loro attività con il 36. Festival Int.le del Teatro, diretto da Massimo Castri (15 settembre - 2 ottobre), e con il 48. Festival Int.le di Musica Contemporanea, diretto da Giorgio Battistelli (14-23 ottobre). In settembre, Giorgio Busetto viene nominato dal Cda nuovo direttore dell'Asac, l'Archivio della Biennale. Marco Müller, nominato dal Cda a capo del settore Cinema, guida la 61. Mostra, che ha luogo dall'1 all'11 settembre e che premia con il Leone d'oro il film Vera Drake di Mike Leigh. A chiudere le manifestazioni, dal 12 settembre al 7 novembre, la 9. Mostra Int.le di Architettura Metamorph, diretta da Kurt W. Forster, che richiama nelle sedi espositive dell'Arsenale e dei Giardini la cifra record di oltre 115.000 visitatori. A partire dal 29 maggio, inoltre, la Biennale presenta in 7 regioni del Sud d'Italia alcune sezioni della 50. Esposizione Int.le d'Arte, svoltasi nel 2003; l'iniziativa ha per titolo Sensi contemporanei.
2005

La prima manifestazione dell'anno è il 3. Festival Internazionale di Danza Contemporanea,
Body Attack, diretto da Ismael Ivo; il festival si apre con un simposio internazionale e una prima assoluta di The Forsythe Company il 28 e 29 maggio, mentre il resto del programma si svolge dall'8 giugno al 2 luglio. Dal 12 giugno al 6 novembre apre al pubblico la 51. Esposizione Internazionale d'Arte, che presenta due mostre internazionali allestite ai Giardini (
L'esperienza dell'arte, curata da María de Corral) e all'Arsenale (
Sempre un po' più lontano, curata da Rosa Martínez), 70 partecipazioni nazionali e 30 eventi collaterali. Dal 31 agosto al 10 settembre torna la Mostra del Cinema, diretta da Marco Müller e giunta alla 62. edizione, e inaugurano il 37. Festival del Teatro diretto da Romeo Castellucci (
Pompei - Il romanzo della cenere, 15-25 settembre) e il 49. Festival di Musica Contemporanea diretto da Giorgio Battistelli (
La musica e il suo doppio, 28 settembre - 9 ottobre). Il 2005 si conclude con un simposio internazionale curato da Robert Storr (9-12 dicembre), sulle problematiche dell'arte contemporanea.
2006
Dal 23 al 28 febbraio si svolge Il drago e il leone, manifestazione del settore Teatro inserita nel programma del Carnevale di Venezia; la rassegna è curata da Maurizio Scaparro, nuovo direttore del settore, ed è interamente dedicata alla Cina. Le manifestazioni proseguono in giugno, dall’8 al 25, con il 4. Festival Internazionale di Danza Contemporanea: UnderSkin è il titolo scelto da Ismael Ivo per questa sua seconda direzione del festival. Dal 21 al 30 luglio ha luogo il 38. Festival Internazionale del Teatro, diretto da Maurizio Scaparro e dedicato a Gozzi e Goldoni europei. Le attività dello spettacolo dal vivo si completano con il 50. Festival Internazionale di Musica Contemporanea, diretto da Giorgio Battistelli: Va’ pensiero si svolge dal 29 settembre al 7 ottobre. La Mostra Internazionale d’Arte Cinematografica giunge alla 63. edizione, diretta da Marco Müller, e si tiene dal 30 agosto al 9 settembre: vengono premiati tra gli altri David Lynch, Leone d’oro alla carriera, e Jia Zhangke, che si aggiudica il Leone d’oro per Sanxia Haoren (Still Life). L’anno si conclude con la 10. Mostra Internazionale di Architettura, diretta da Richard Burdett e intitolata Città. Architettura e società. La mostra apre al pubblico dal 10 settembre al 19 novembre e presenta tra l’altro una sezione speciale, Città-Porto, allestita a Palermo.
2007
La prima manifestazione dell'anno è la 52. Esposizione Internazionale d’Arte, diretta da Robert Storr. Intitolata Pensa con i sensi – Senti con la mente. L’arte al presente, la mostra richiama circa 320.000 visitatori nei 165 giorni di apertura, dal 10 giugno al 21 novembre: è il più alto consenso di pubblico negli ultimi venticinque anni. Successo di pubblico anche per i tre settori dello spettacolo dal vivo: il festival di Danza, intitolato Body & Eros, si svolge dal 14 al 30 giugno; aspre polemiche suscita uno degli spettacoli in programma, Messiah Game di Felix Ruckert, di cui viene chiesta la cancellazione dal cartellone ma che andrà regolarmente in scena. Il Festival del Teatro è dedicato a Goldoni e il teatro nuovo, e si svolge dal 18 al 29 luglio. Il Festival di Musica si intitola Oltre la linea e si svolge dal 4 al 13 ottobre. La 64. Mostra Internazionale d’Arte Cinematografica si svolge dal 29 agosto all'8 settembre: è l’edizione del settantacinquesimo, e premia Ang Lee col Leone d’oro per il film Se, Jie (Lussuria), Tim Burton col Leone d’oro alla carriera e Bernardo Bertolucci con un premio speciale, il Leone d’oro del 75°.
2008
Le attività del 2008 si aprono con Beauty, il 6. Festival Internazionale di Danza Contemporanea diretto da Ismael Ivo e dedicato al tema della bellezza; in corso dal 14 al 29 giugno. Dal 27 agosto al 6 settembre è la volta della 65. Mostra Internazionale d’Arte Cinematografica, diretta per il quinto anno da Marco Müller: a vincere il Leone d'oro è The Wrestler di Darren Aronofsky. Aaron Betsky presenta la 11. Mostra Internazionale di Architettura intitolata Out There: Architecture Beyond Building, aperta al pubblico dal 14 settembre al 23 novembre; grande interesse suscita il concorso online Everyville, su tema dello stesso Betsky, a cui partecipano 245 gruppi per un totale di 782 studenti universitari, provenienti da 48 paesi. Luca Francesconi è il nuovo direttore del settore Musica: il 52. Festival Internazionale di Musica Contemporanea, Radici Futuro, si svolge dal 2 al 18 ottobre. Le attività dell’anno si concludono con il Laboratorio Internazionale del Teatro, diretto da Maurizio Scaparro e dedicato al tema del Mediterraneo, dal 27 ottobre al 29 novembre; il laboratorio, sviluppandosi attorno all’idea di teatro come “cantiere d’arte”, fa da preludio al Festival del Teatro, programmato per l’anno seguente.
2009
Il 40. Festival Internazionale del Teatro si svolge dal 20 febbraio all'8 marzo e porta a termine il progetto dedicato al Mediterraneo. Il programma ha un epilogo il 5 e 6 novembre con la prima rappresentazione di Polvere di Baghdad di Maurizio Scaparro. La 53. Esposizione Internazionale d’Arte, diretta da Daniel Birnbaum e intitolata Fare Mondi, torna ai Giardini e all'Arsenale e stabilisce un nuovo record di pubblico: 375.702 visitatori nel periodo 7 giugno - 22 novembre. La Danza propone il primo momento del progetto triennale Grado Zero, che include a giugno due prime mondiali (Michael Clark Company e Ismael Ivo). La Mostra del Cinema si svolge dal 2 al 12 settembre: premia Lebanon di Samuel Maoz col Leone d'oro e i registi della Disney•Pixar col Leone alla carriera. Seconda direzione per Luca Francesconi, che dal 25 settembre al 3 ottobre presenta il 53. Festival Internazionale di Musica Contemporanea, intitolato Il corpo del suono.
2010

In apertura di attività, il ciclo di masterclass di Arsenale della Danza, il centro di formazione diretto da Ismael Ivo: dal 18 gennaio al 30 maggio, con un programma aggiuntivo di dimostrazioni e lezioni pubbliche (Open Doors - Lezioni aperte, dal 29 gennaio al 10 aprile). Dal 6 al 16 febbraio si svolge la prima edizione del Carnevale dei ragazzi, un programma straordinario di attività educational e iniziative creative rivolte ai bambini e ai ragazzi delle scuole, alle famiglie e al pubblico, connesse ai temi del Carnevale. Danza ancora in primo piano dal 26 maggio al 12 giugno con il 7. Festival, intitolato
Capturing Emotions. La 12. Mostra di Architettura si svolge dal 29 agosto al 21 novembre:
People meet in architecture, diretta da Kazuyo Sejima, ottiene uno straordinario successo di pubblico e si chiude con il numero record di 170.801 visitatori. La 67. Mostra del Cinema si apre poco dopo Architettura, l'1 settembre (fino all'11), e premia con il Leone d'oro il film
Somewhere di Sofia Coppola. Il 54. Festival di Musica Contemporanea,
Don Giovanni e l'uom di sasso, si svolge dal 23 settembre al 2 ottobre, presentando modalità non convenzionali di ascolto come l'opera-labirinto
Don Giovanni a Venezia, allestita al Conservatorio, e le serate Extempore ed Exit_03. Il settore Teatro e il neodirettore Àlex Rigola preparano il nuovo Festival del 2011 con cinque laboratori, diretti da registi internazionali, che si svolgono tra il 12 ottobre e il 31 dicembre, e che proseguono con altri due laboratori nel 2011.
I Leoni d'oro alla carriera del 2010: William Forsythe (Danza), Rem Koolhaas (Architettura), John Woo (Cinema), Wolfgang Rihm (Musica, nella foto).
2011

Il Carnevale dei ragazzi organizzato dalla Biennale giunge alla seconda edizione (26 febbraio - 8 marzo), la prima a carattere internazionale a seguito della partecipazione di alcuni paesi titolari di padiglione ai Giardini. La 54. Esposizione Internazionale d'Arte, diretta dalla storica dell’arte e critica Bice Curiger, si svolge dal 4 giugno al 27 novembre; la mostra, intitolata ILLUMI
nazioni, richiama oltre 440.000 visitatori stabilendo un nuovo record di pubblico. La 68. Mostra del Cinema torna al Lido dal 31 agosto al 10 settembre, diretta da Marco Müller; Darren Aronofsky è il presidente della giuria principale, e il Leone d'oro va a
Faust di Aleksander Sokurov. I settori dello spettacolo dal vivo aprono le attività del 2011 con Arsenale della Danza: un ciclo di masterclass da gennaio a maggio e sei spettacoli dall'11 maggio al 25 giugno; il Festival di Musica Contemporanea si svolge dal 24 settembre all'1 ottobre: intitolato
Mutanti, include nel programma due laboratori realizzati con l'Ircam di Parigi; il Festival di Teatro si svolge dal 10 al 16 ottobre, portando a conclusione il progetto laboratoriale ideato da Àlex Rigola e iniziato nel 2010. I Leoni d'oro alla carriera nel 2011: Sturtevant e Franz West (Arte), Marco Bellocchio (Cinema), Peter Eötvös (Musica), Thomas Ostermeier (Teatro). Il 18 dicembre giungono a scadenza del mandato quadriennale il Presidente e il Consiglio d'amministrazione; il 21 dicembre il ministro per i Beni e le Attività culturali conferma Paolo Baratta alla presidenza e nomina il nuovo Cda. Il 27 dicembre il Cda nomina i nuovi direttori di Architettura (David Chipperfield) e di Cinema (Alberto Barbera).
2012
Favole e pensieri è il titolo della terza edizione del Carnevale dei ragazzi, organizzato ai Giardini dall'11 al 21 febbraio come speciale attività Educational. Le masterclass di Arsenale della Danza (quarta edizione) vanno dal 30 gennaio al 17 giugno e comprendono il programma di lezioni aperte per il pubblico, Open Doors; dall’8 al 24 giugno si svolge inoltre l'8. Festival Internazionale di Danza Contemporanea –
Awakenings, aperto dalla prima mondiale di
Biblioteca del corpo di Ismael Ivo. Dal 4 al 13 agosto si svolge una nuova sessione del Laboratorio Internazionale del Teatro, con la partecipazione di cinque autori della scena contemporanea. Il 29 agosto, inaugurazione della 13. Mostra Internazionale di Architettura,
Common Ground, diretta da David Chipperfield (178.000 visitatori il bilancio finale al 25 novembre) e avvio della 69. Mostra Internazionale d’Arte Cinematografica, fino all'8 settembre, con la direzione di Alberto Barbera (
Pieta di Kim Ki-duk vince il Leone d'oro). Il settore Musica presenta dal 6 al 13 ottobre il 56. Festival Internazionale di Musica Contemporanea, prima direzione artistica di Ivan Fedele, intitolato
+Extreme- e seguito da un pubblico curioso di giovani e studenti. I Leoni d'oro alla carriera del 2012: Sylvie Guillem (Danza), Luca Ronconi (Teatro), Álvaro Siza Vieira (Architettura), Francesco Rosi (Cinema), Pierre Boulez (Musica).